特に気になったのが、別サーバで運用している Active Directory ドメインコントローラから今回アップグレードした Windows Server 2008 R2 マシンがうまく対話しなくなってしまったので、一度 Active Directory のメンバから外して再登録をしてみたところ、ログイン不能となってしまいました。
結論から言うと、OS のアップグレードを行うと Active Directory とクライアントマシンとのセキュアチャネルの一部に不整合が生じるため、これをリセットすると解決するようです。
良い例
OS をアップグレードした後に、Active Directory ドメインコントローラを運用しているマシンから Active Directory ユーザーとコンピュータを開き、アップグレードを行ったコンピュータを右クリックし、サブメニューから「アカウントのリセット」を選択します。
すると、アカウントがリセットされたコンピュータの再度起動時に認証情報の再同期が行われ、ログイン可能な状態となります（セキュアチャネルが修復されるので、認証絡みのエラーや警告がイベントログに記録されなくなる）。
悪い例(当方の失敗例)
Active Directory ユーザーとコンピュータを開き、アップグレードを行ったコンピュータを右クリックし、サブメニューから「削除」を選択し、再度同名のコンピュータを登録すると、再起動時にセキュアチャネルが破損した状態となり、ログインできなくなります。
よほどのことがないかぎり、コンピュータは削除しないようにしましょう。
万が一、この手順でコンピュータを削除してしまったために、ドメインにログインできなくなってしまった場合は、下図のようにコンピュータを一度ドメインから外し（任意のワークグループに参加させるなど）てコンピュータを再起動し、再度ドメインに参加させるように構成するとセキュアチャネルが再構築されるようになります。
重要
対象のコンピュータが証明書サーバ（証明書サービスをインストールしている）の場合、ドメイン変更やコンピュータ名の変更ができなくなるため、アカウントのリセットやコンピュータの削除を行う前に証明書サービスを一旦アンインストールする必要があります。
ドメインセキュアチャネルが破損しているかどうか調べる方法
ドメインにログインしようとしたときに「サーバーのセキュリティ データベースにこのワークステーションの信頼関係に対するコンピュータ アカウントがありません。」というメッセージが表示されてログインできなくなっている場合には、セキュアチャネルに何らかしらの問題がある可能性があります。
クライアントマシンのコマンドラインからセキュアチャネルのリセットを試みることで、セキュアチャネルが破損しているかどうか判断できます。
a. netdom コマンドを使ってリセット
netdom reset /d:[ドメイン名]
例：netdom reset /d:local.jp
このコマンド実行が失敗する場合は、セキュアチャネルが確立されていない（破損している）可能性があります。
b. nltest コマンドを使ってリセット
nltest [ローカルマシン名] /SC_Reset:[ドメイン名]
例：nltest MyMachine /SC_Reset:local.jp
このコマンド実行が失敗する場合はセキュアチャネルが確立されていない（破損している）可能性があります。
